우리연구원은 2008년 12월 ‘고객가치를 창조하는 세계 일류 정보연구기관’이라는 새로운 기관 비전을 수립하고 ‘정보의 고부가가치화, 연구의 선진화, 과학의 산업화를 통해 대한민국의 과학기술 7대강국 진입을 앞당기는 KISTI’를 만들겠다는 핵심목표를 세웠다. 이와 함께 본부장 및 실장을 중심으로 하는 대실체제로 조직을 개편함으로써 효율적인 조직운영을 새롭게 시도했다. 구체적으로 연구부분에 있어서는 기존의 3센터, 3사업단으로 분산되어 있던 연구조직을 정보유통, 정보분석, 슈퍼컴퓨팅 3대 연구부분 기능 중심으로 통합했다. 또한 과학기술산업화를 전담하는 조직을 신설해, 기업은 물론 연구소와 대학 등 공공기관이 보유한 참신한 아이디어에 대해 가치평가, 분석정보 제공, 자금지원 연계 등 전주기적 기술컨설팅을 해주는 시스템을 구축했다. 더불어 행정부분은 정부의 ‘공공기관 경영효율화 방안’과 신임기관장의 책임경영 원칙에 따라 기존에 2부, 1실, 9팀 이었던 것을 1본부, 4실, 4팀으로 42% 축소했다.